試験研究費の税額控除：中小企業【税制改正大綱:法人税（所得税）】

中小企業技術基盤強化税制についても、試験研究費の増加額に係る税額控除の廃止によって、2年間の時限措置が講じられます。

中小企業については、試験研究費の税額控除率は、12％です。
そこに、上乗せ措置という形で、増加額、高水準型の選択適用がありましたが、増加額制度の方は、廃止になります。

・時限措置（試験研究費の増加割合が5％を超える場合）
①（増加割合－5％）×0.3
※12％と合わせて、17％限度

②控除税額の上限、25％に10%の上乗せ措置。

④高水準型の制度の適用の代替
（試験研究費割合－10%）×2
※10%限度

平均売上金額の10%を超える試験研究費に係る税額控除制度（高水準型制度）とこれらの時限措置も含めて、最も税額控除が大きくなるように適用を選択する必要があります。
重複適用できる部分と出来ない部分があり、判定は慎重に行う必要があります。

・試験研究費の増加割合が5％を超えない場合
高水準型制度と時限措置③との比較

・試験研究費の増加割合が5%を超える場合
①本体部分の12％控除と時限措置①の控除額が、法人税額上限の25%を超える。
　時限措置①と時限措置②、高水準型を適用。

②本体部分の12%控除と時限措置②の控除額が、法人税額上限の25%に満たない。
　時限措置①と時限措置③又は時限措置①と高水準型との比較。

税政改正大綱を読む解く限りでは、時限措置の増加制度の補填部分と高水準型を両方受けることができる（ただし、法人税額25%限度）ようです。
判定が少し面倒ですが、税務システムに必要情報を入力すれば、判定できるように、システム屋がプログラムを修正してくれるでしょう。

総額（時限措置）の部分は、本体部分の総額制度と合算して計算するのが適切です。便宜上、Excelシートなので、分けて計算しています。